平安時代後期の儒学者清原頼業（きよはらのよりなり）を祭神とする。社名「車折」は後嵯峨天皇が大堰川遊幸の際、社前で突然車が動かなくなり、社の者に聞いたところ、頼業公を祀ると答えがあったので後に「車折大明神」の神号と正一位の神階贈ったためと言われている。
画家富岡鉄斎が一時宮司を務めたことがあり、鉄斎の作品が多く「車軒文庫」として管理されている。毎年5月第3日曜日に「三船祭」が行われ、嵐山の大堰川で平安時代の船遊びが再現されている。