臨済宗天龍寺派の寺院。足利尊氏の墓所として知られる。足利尊氏は1341年（暦応4年）に現在の京都市中京区の柳馬場御池付近に等持寺を建立し、その2年後の1343年現在の京都市北区等持院北町に別院北等持寺を建立した。尊氏の死後、別院等持寺は尊氏の墓所となり、その名前を「等持院」と改称した。霊光殿には足利歴代将軍の木像が安置されている。
夢窓国師作と伝えられる庭園は、衣笠山を借景にした池泉式回遊庭園である。