菅原道真公を主祭神とし、特に学問の神様として知られ、多くの受験生らの信仰を集めている。福岡県の太宰府天満宮とともに天神信仰の中心となっている。道真公は梅をこよなく愛し、大宰府に左遷の際、庭の梅に「東風吹かば　匂い起せよ梅の花　主なしとて　春を忘るな」と和歌を詠んだこと等から梅が神紋となっている。境内には多くの梅が植えられており、春先には梅苑も公開され、2月25日には梅花祭が開催される。
「牛が刺客から道真公を守った」等の伝承から、牛は神使とされており、境内には臥牛の像が多数置かれている。

延暦13年桓武天皇の命により、今木皇大神（いまきのすめおおかみ）、久度大神（くどおおかみ）、古開大神（ふるあきおおかみ）、比賣大神（ひめのおおかみ）の四柱御祭神が、平安遷都と同時にこの地に祀られ、桜の名所として名高い。
毎年4月10日に行われる「桜祭り」は、花山天皇が985年に始められた臨時祭が始まりで、京都主要行事の1つである。江戸時代には御室仁和寺とともに桜の名所として親しまれ、後に夜桜でも「祇園の夜桜」と人気を二分するようになった。境内には名桜「魁」をはじめ、約50種約400本の桜が植えられている。